Interventi di restauro più recenti:
- 1970: risoluzione di alcuni problemi statici e restauro della facciata. La spesa fu sostenuta dalla Soprintendenza ai Monumenti di Venezia;
- 1971: restauro di tutti i quadri della Chiesa, su diretto intervento della Soprintendenza alle Gallerie e alle opere d’arte di Venezia. L’operazione ha interessato oltre cento opere d’arte esistenti nella Chiesa. Sotto il Compianto su Cristo del Maganza, posto sopra l’arcone della Cappella Maggiore, viene ritrovato l’affresco cinquecentesco attribuito a Dario Varotari. La tela secentesca venne trasferita in Sacrestia;
- 1975: puntellazione interna ed esterna della Cappella del Crocifisso, che presentava grandi fessurazioni, con trasferimento delle molte opere in essa contenute;
- 1977-78: manutenzione di massima del tetto del Coro e della Sacrestia;
- 1983: primo intervento statico per la Cappella del Crocifisso;
- 1984: opere di risanamento della Chiesa, a cui si convenne di comune accordo tra Edilizia Pubblica del Comune, Curia Vescovile e Chiesa di San Gaetano. Nell’esecuzione dei lavori è stato possibile rinvenire ed eliminare la principale causa che aveva determinato i pericoli di staticità;
- 1990-91: restauro definitivo e conservativo della Cappella del Crocifisso, dopo l’esecuzione di opere di consolidamento della copertura a volta. La Cappella si era deteriorata a causa dell’umidità e della lunga chiusura, essendone pericoloso l’accesso e impossibile l’uso. Venne riaperta la finestrina sul cortile interno della cappellina sud, al fine di migliorarne la circolazione d’aria;
- 1992-93: restauro del Campanile settecentesco;
- 1994-95: restauro della copertura e dei lanternini delle cupole sopra gli altari, dei tetti circostanti e parziale recupero delle facciate. Pochi anni dopo si procedette al restauro dell’affresco del soffitto del Coro e delle statue del vano centrale;
- 2005-2009: restauro della copertura della Chiesa grazie ai finanziamenti della Fondazione Cassa di Risparmio di Padova e Rovigo. Rifacimento completo di tutta la cupola, ricostruita la struttura in legno con guaina e lastre di piombo e infine la copertura originale in embrice – coppo. Ripulitura della facciata esterna con capitelli, statue e cornici. Ripasso globale con stuccature e consolidamenti delle superfici decorate della cupola interna, che si erano degradate dalla pioggia e umidità. Realizzazione di un nuovo impianto di illuminazione e pulizia artistica di tutta la Chiesa.
- 2008: nasce il Centro culturale S. Gaetano sull’antico Convento dei Teatini, diretto dall’Amministrazione Comunale di Padova.