Nacque intorno al 1493 a Magliano Sabina (Rieti), appartenente a un ramo di una famiglia piacentina di nobili origini.
Nei primi anni del XVI secolo si trasferì a Roma, dove si laureò in utroque iure. La conoscenza dei sacri canoni e delle lingue (il latino, il greco e l’ebraico), gli permise di intraprendere la carriera curiale come avvocato concistoriale. Membro della confraternita romana del Divino Amore, nel 1525 entrò nell’Ordine dei chierici regolari Teatini.
Nel 1527, in fuga dal sacco di Roma, si trasferì con i confratelli a Venezia, nella chiesa di San Nicola di Tolentino. Qui le sue attività si svilupparono secondo le direttive impresse da Carafa nella riforma dei meccanismi di selezione del clero, delle attività assistenziali, che intendeva porre sotto il rigoroso controllo delle gerarchie ecclesiastiche, e dell’apparato inquisitoriale.
La piena maturazione della carriera di Scotti avvenne nel 1555, quando Paolo IV lo volle con sé a Roma, nella nuova casa teatina di San Silvestro al Quirinale, nominandolo arcivescovo di Trani, cardinale, governatore della Segnatura di grazia e giustizia, segretario di Stato e ai Brevi. In seguito lo impegnò nella stesura dell’Indice dei libri proibiti, nella scrittura del nuovo breviario e nel 1559 lo volle nel Sacro Consiglio, l’organismo che doveva occuparsi del governo dello Stato della Chiesa.
Nel 1565 partecipò al concilio provinciale di Milano con cui Carlo Borromeo intendeva affermare la giurisdizione della sua arcidiocesi su quelle circonvicine. La sua relativa emarginazione è testimoniata anche dal difficile rapporto che ebbe in questi anni con i Teatini, i quali, dopo la morte di Paolo IV, avevano decretato nei confronti suoi e dei suoi fedelissimi una vera e propria damnatio memoriae.
Rinunciato al vescovato piacentino in favore del confratello teatino Paolo Burali, morì a Roma il 2 dicembre 1568 e fu sepolto nella basilica di San Paolo fuori le mura. Attorniato dai libri del suo studio, anch’egli è ritratto dal Pellizzari in ginocchio, con i due diversi copricapi da cardinale ai lati con una ricca collezione di libri sullo sfondo. Impugna una spada infiammata con la mano destra (presente anche nel ritratto di Gian Pietro Carafa) poiché, molto probabilmente, prese parte al tribunale dell’Inquisizione.
L’iscrizione riportata nella parte bassa del dipinto recita:
BERNARDINUS SCHOTTUS SABIN. CLER. REG. IS CADR. IS / EPS TRANENSIS ET PLACENT. SUMMUS VIOLATAE FIDEI / OBSTENTOR OBIIT ROMAE IV NONAS DECEMBR. 1578
